Evolution de l'enceinte

Le front à défendre ainsi déterminé était cependant trop long.
* Aussi, dès 1551, on retrancha le quartier Percanville des fortifications.
* En 1562, s'apercevant que le danger le plus grave venait de l'est, de la plaine de Leure, on construisit un fort dans le quartier des Barres (qui sera alors en partie évacué), le fort Warwick.
* Dès la libération de la ville, le fort fut remplacé par une citadelle que Richelieu fit , à son tour, reconstruire de façon monumentale en 1627.

Evolution de la ville et du port

* La ville avait vu, avec Bellarmato, sa superficie augmenter. À la suite de la construction de la citadelle qui l'amputa d'un tiers environ, elle fut définie dans ses limites extérieures et demeura en cet état jusqu'à la décision d'agrandir (plan Lamandé de 1786, mais réalisé seulement en 1815).
* Le port, quant à lui, évolua peu. Il consistait dès sa création en un avant-port, un arrière-port et en un bassin de forme triangulaire qui étaient en fait les anciennes criques, à peine aménagées, si ce n'est par les travaux de l'entrée et quelques quais en bois, qui furent remplacés à la fin du XVIème siècle par des quais en pierre. Le bassin de la grande crique, au nord, approfondi sous LouisXIII, resta sans quais maçonnés jusque sous Richelieu.

Progesssivement, le nouveau port accrut sa domination sur Honfleur et Harfleur, qui allaient de plus en plus servir de trop-plein pour le port du Havre, avant de s'endormir. La fonction portuaire de Rouen devait stagner à cause de la limitation du tonnage des navires pouvant y accéder.